Chăm sóc sức khỏe ban đầu ở Malta có sẵn miễn phí cho mọi người, kể cả những người LGBT với sự bảo vệ cụ thể khỏi sự phân biệt đối xử trên cơ sở xu hướng tình dục. Tuy nhiên, trong khi điều trị dự phòng phơi nhiễm (PrEP) và điều trị dự phòng sau phơi nhiễm (PEP) có sẵn để mua, chúng rất tốn kém để trả tiền. Có những đề xuất để làm cho chúng sẵn sàng hơn để tránh STD, đặc biệt là HIV/AIDS, trong số những người LGBT và người dị tính như nhau.[100]

Những người đồng tính nam và song tính ở Malta không được phép hiến máu.[101] Vào tháng 5 năm 2016, Bộ trưởng Bộ Y tế Chris Fearne đã thông báo rằng một ủy ban kỹ thuật được thành lập vào năm 2015 để xem xét lệnh cấm gần đây đã hoàn thành báo cáo của mình và đề nghị loại bỏ sự trì hoãn vô thời hạn hiện tại về quyên góp. Chính sách mới, nếu được thực hiện, vẫn sẽ loại trừ đóng góp từ những người đàn ông đã quan hệ tình dục với người đàn ông khác bất cứ lúc nào trong 12 tháng trước.[101] Vào tháng 9 năm 2016, cánh thanh niên của Đảng Lao động đã tuyên bố hỗ trợ dỡ bỏ lệnh cấm.[102] Có kế hoạch cho phép các cá nhân LGBT trong mối quan hệ một vợ một chồng ổn định để hiến máu vào khoảng đầu năm 2019.[103]